부친이 아파트상가를 하나 가지고 있는데, 세입자가 면세사업자입니다.(학원)

상가취득시 부가세환급을 위해서 일반과세자로 등록했었지만, 면세사업자가 들어오는 바

람에 부가세포함된 금액으로 묵시적 계약이 이루어진것 같습니다.
(부친이 연로하시고 세금에 대해 무지하셔서 부동산에서 하자는대로 계약하신것 같습니다.)

상가의 경우 부가세포함해서 월세를 받고 세금계산서를 발행해주면 되는것으로 알고 있는

데, 면세사업자의 경우에는 보통 어떻게 계약이 이루어 지나요?
(월세는 얼마 안되는데, 부가세금액을 저희가 부담할려니 수익율이 너무 형편없습니다;;)


몇년전 보증금 1,000만원에 월 45만원으로 시세보다 훨씬 저렴한 금액으로 계약을 했는

데, 월세를 올리지 않고 오랫동안 있었습니다. 주변시세를 파악해보니 월 70만원을 받는다

고 하더군요. 광역시라 상가임대차보호법 대상에 해당이 되던데, 월세 상한율이 9%라고

알고 있습니다. 이경우 임대차계약기간이 끝난시점부터 매년 9%를 올릴 수 있는것인가

요? 아니면 계약기간 중이라도 세입자와 협의하여 올릴 수 있는것인가요?